运输公司和物流公司，从表面上看，主要区别在经营范围上。
运输，主要指的是借助一些运输工具，实现了货物的转移。物流，其范围比较大，凡是参与到物的流动过程中的活动，都属于物流的范围，除了运输之外，还包括，仓储、二次包装、二次加工等。
如果主营业务不仅仅是运输，还有其他业务的话，那么，在《营业执照》上的经营范围中，要体现出来计划做的所有的物流业务。不然的话，将来在开票时，没有在营业执照上体现的经营活动，是无法在开票时体现的。如果原有的执照上没有，而实际需要，那么，需要到有关部门进行“"增项”。
运输公司和物流公司，只是两个称呼，如果深究其不同之处，运输公司的经营范围更专一些，而物流公司可以专也可以广。